Lưu ý rằng hợp đồng chuyển nhượng dự án cần phải được đăng ký với cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư để phê chuẩn. Vì vậy, các bên nên quy định rõ thời điểm có hiệu lực đầy đủ của hợp đồng chuyển nhượng dự án phụ thuộc vào thời điểm các cơ quan có thẩm quyền phê chuẩn.

Trường hợp chuyển nhượng dự án có gắn với chuyển nhượng quyền sử dụng đất và tài sản trên đất thì các bên nên lập bổ sung hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất và tài sản trên đất riêng kèm theo hợp đồng chuyển nhượng dự án, làm cơ sở để thực hiện việc công chứng, tính toán các khoản thuế, phí, lệ phí trước bạ.

Khi chuyển nhượng dự án cho nhà đầu tư nước ngoài, các doanh nghiệp trong nước cần lưu ý nhà đầu tư nước ngoài không được phép trực tiếp nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất. Vì vậy, phạm vi chuyển nhượng dự án không được bao gồm chuyển nhượng quyền sử dụng đất. Sau khi việc chuyển nhượng được cơ quan có thẩm quyền phê chuẩn, doanh nghiệp trong nước phải trả lại đất cho nhà nước để nhà nước cho doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thuê để tiếp tục thực hiện dự án.